火車票退票費按票面價格5%收取的規定已經實行了近2個月。但有旅客反映，該規定對于廣九直通車完全不適用。直通車的退票費比例最高達50%，是其它列車的十倍。旅客即使在開車前兩小時退票仍要按票面票價退款50%。而一旦遲到趕不上車還不能退票和改簽。

　　鐵路工作人員解釋，由于廣九直通車涉及香港鐵路公司，所以退票、改簽等辦法特殊于國內的鐵路規定。修改該辦法涉及兩地鐵路部門，所以國內的退票改簽規定修改時，廣九直通車的規定一直沒變。

　　鐵路部門還提醒，由于旅客前往的是香港，要辦理過關手續。因此對于旅客及車票的管理都要更為嚴格。旅客需在開車前45分鐘到站辦理出境手續。進站閘口將于開車前10分鐘關閉。嚴禁無有效證件及送客人員進入。

　　赴港直通車改簽規定（內地火車票改簽規定）

　　旅客退票必須在購票地車站或票面發站辦理。在發站開車前，特殊情況也可在開車后2小時內。從今年9月25日零時起，全國旅客列車退票費標準統一下調，新標準按每張車票面額的5%收取退票費，最低為2元。

　　赴港直通車退票規定（內地火車票退票規定）

　　旅客要求退票，在票面乘車站辦理時，應于票面指定的乘車日期開車前2小時辦理。異地票在原購票地辦理時，應于票面制定乘車日期開車前6小時辦理。提前2小時——2天辦理退票時，按票面票價退款50%;提前3——14天辦理退票時，按票面票價退款70%;提前15天以上辦理退票時，按票面票價退款100%，另核收手續費15港元。